结核病菌可能对治疗所用的抗生素产生抗药性，进而发展成耐多药结核病（MDR-TB），这种病症对两种最有效的抗结核药物——异烟肼和利福平——失去反应。治疗管理不善是耐多药问题的主要原因，包括不当使用抗生素、采用无效药物配方或过早终止治疗，这些都可能促生耐药性，并在诸如监狱、医院等拥挤环境中加速传播。
耐多药肺结核所带来的挑战极为严峻。从诊断上讲，它远比普通肺结核复杂，需要通过实验室进行一系列检测，整个过程长达2至3个月，并依赖特殊设备。治疗周期也显著延长，普通结核病患者通常只需6个月治疗，而耐多药患者则需18到36个月，甚至更久，并需长期使用副作用较大的二线药物，如卡那霉素、卷曲霉素等。
此外，耐多药肺结核的治愈率较低，仅为50%至60%，意味着即使在现有医疗条件下，仍有约一半患者无法治愈。经济负担同样沉重，耐多药患者的治疗药物费用是普通患者的百倍以上，加上其他相关开销，差距更加明显。
尽管对耐多药肺结核的诊断与治疗已给予高度关注，但其带来的威胁仍在不断加剧，强调了对抗这一公共卫生挑战的紧迫性。
